Los humedales como Mar Chiquita prestan servicios ecológicos fundamentales y regulan los regímenes hídricos y la biodiversidad, constituyendo un recurso de gran valor económico, científico y recreativo.

Mar Chiquita y los bañados del río Dulce son un tesoro natural para la provincia de Córdoba. Tiene valor paisajístico, por cuanto presenta un escenario de gran belleza que atrae al viajero; valor de biodiversidad, debido a que alberga una gran cantidad de plantas y animales que forman parte del patrimonio natural de Córdoba y de Argentina;  y valor arqueológico, ya que en el área se encuentran restos de culturas indígenas adaptadas a la vida en los bañados. Además, tiene valor económico para sus habitantes, generando recursos a través del turismo tradicional, el ecoturismo o turismo de la naturaleza, el turismo dedicado al mantenimiento de la salud que aprovecha el valor curativo de sus aguas y fangos. Otra importante actividad económica está representada por la ganadería en los pastizales del Río Dulce y los ingresos generados por la pesca deportiva del pejerrey que tiene a Mar Chiquita como destino destacado.

No obstante, este lugar excepcional se encuentra bajo algunas amenazas que causan preocupación. En primer lugar, existe el riesgo de que la extracción no controlada de agua para irrigación u otros propósitos en los ríos afluentes, y particularmente del río Dulce, pueda llegar a disminuir marcadamente o aun secar totalmente la laguna. Asimismo, la construcción de diques puede impedir la llegada de las inundaciones anuales a los bañados que mantienen los productivos pastizales, transformándolos en salinas improductivas y estériles. Otro problema preocupante es la contaminación creciente de los ríos por industrias y poblaciones que no tienen apropiados sistemas de tratamiento de efluentes y residuos sólidos.
Finalmente, la caza y la pesca furtivas constituyen otra amenaza importante para la biodiversidad de la reserva.